第一任系主任 蘇啟宗(1997年8月~2000年7月)

第二、三任系主任 周至宏(2000年8月~2004年10月)

第四、五任系主任 張清靠(2004年11月~2010年7月)   第五任副主任 劉東官(2008年8月~2010年7月)

第六任系主任 林栢村(2010年8月~2011年7月)        第六任副主任 余志成(2010年8月~2011年7月)

第七任系主任 余志成(2011年8月~2014年7月)        第七任副主任 邱能信(2011年8月~2014年7月)

第八任系主任 邱能信 (2014年8月~2017年7月)       第八任副主任 郭文正(2014年8月~2015年1月)

                                                第八任副主任 楊玉森(2015年2月~2016年6月)

                                                第八任副主任 謝其昌(2016年6月~2017年7月)

第九任系主任 謝其昌 (2017年8月~2019年7月)       第九任副主任 鄭永長(2017年8月~2018年2月)

                                                第九任副主任 薛博文(2018年2月~2018年7月)

三校合併系所更名(機電工程系)首任系主任

第十任系主任 謝其昌 (2019年8月~2021年10月)      第十任副主任 薛博文(2019年8月~2021年10月)

代理系主任 鄭永長 (2021年10月~2022年1月)

第十一任系主任 吳宗亮 (2022年2月~至今)          第十一任副主任 孫榮宏(2022年2月~2023年1月)

                                                第十一任副主任 郭文正(2023年2月~至今)